Группа была основана в 1990 ударником и гитаристом Еспером Стрёмбладом как сайд-проект его основной группы Ceremonial Oath.
В 1993 он покидает группу и сосредотачивается на In Flames. К нему присоединились гитарист Гленн Люнгстрём и басист Йохан Ларссен, сформировав первый состав группы. Стрёмблад попросил Микаэля Станне, ритм-гитариста группы Dark Tranquillity, записать вокал для демо In Flames. Кроме того к группе временно присоединился гитарист Carl Näslund. Этот состав и записал песни для Demo '93, которое произвело хорошее впечатление на компанию Wrong Again Records. Тем же составом в декабре 1993 они выпустили на этом лейбле дебютный альбом Lunar Strain. Станне не мог продолжать участвовать в группе, поскольку был занят в Dark Tranquillity, где также взял на себя обязанности вокалиста после ухода Андерса Фридена в Ceremonial Oath.
После успешного первого альбома Стрёмблад занялся вплотную поиском вокалиста и ударника. В 1994 году группа записала ряд песен, вокальные партии на которых исполнили Henke Forss (Dawn), Jocke Gothberg (Marduk), Robert Dahne, Per Gyllenbäck. Результатом этих записей стал мини-альбом Subterranean.
В 1995 году Ceremonial Oath прекращает свое существование и Стрёмблад приглашает на место вокалиста Андерса Фридена. Место за ударными занял Бьёрн Гелотте. В новом составе осенью 1995 In Flames записывает второй альбом The Jester Race, который увидел свет летом следующего года, обложку к нему делал Андреас Маршалл. Продюсером группы, начиная с этого альбома, стал Фредерик Нордстрём. В поддержку альбома группа провела тур с группами Dimmu Borgir, Samael и Kreator.
Этим альбомом они привлекли внимание как в Европе так и в Японии, получив контракт с японским лейблом Toys Factory. Быстро растущая популярность In Flames и многочисленные гастроли позволили группе подписать новый контракт с крупнейшим немецким металл лейблом Nuclear Blast. Затем в феврале 1997 года был выпущен мини-CD «Black-Ash Inheritance», предварявший выход большого альбома. Таким образом в 1997 году In Flames выпускает подряд мини «Black-Ash Inheritance» и полный альбом Whoracle, который выдержан в стиле «The Jester Race».
Параллельно Еспер вместе с Оскаром Дроньяком создал пауэр-метал группу HammerFall, где играл на ударных. Туда же перешли Гленн Люнгстрём и Йохан Ларссен, а вокалистом первое время был всё тот же Станне. С 1993 по 1997 годы составы HammerFall и In Flames практически совпадали. Однако после записи дебютного альбома Еспер покинул HammerFall и сосредоточился на работе в In Flames, где теперь играл только как гитарист, найдя постоянного ударника.
С 1997 года состав заметно поменялся. Ударные стал играть Даниэль Свенсон, новым басистом стал Петер Иверс. В этом составе был записан альбом Colony и последующие — с 1998 состав больше не менялся. Группа завоевала известность среди поклонников тяжёлой музыки, провела успешный тур по США и Японии.
Называется дата 6 августа 2001 года, как дата релиза первого концертного альбома группы «Live in Japan». Концертный альбом «The Tokyo Showdown» был записан в ходе турне в Японию в 2000 году, проводившегося в поддержку альбома «Clayman». В одном только 2000 году In Flames отыграли более 150 шоу, прежде чем в следующем засели за написание песен для этого самого альбома. Японский журнал «Burrn! Magazine» признал Еспера лучшим композитором года.
Весной 2002 года они уже в студии и записывают очередной альбом «Reroute to Remain». Дело было в Dug-Out Studio в г. Упсала в Швеции с продюсером Даниэлем Бергстрандом (Daniel Bergstrand). Альбом вышел в сентябре — 2-го в Европе, 3-го — в США. В июле 2002 года было снято также видео для композиции «Cloud Connected».
В 2004 году в Швеции In Flames завоевала награду P3 Guld Award Show в номинации «Лучший альбом 2004 года».
В феврале 2010 группу покинул основатель, гитарист Еспер Стрёмблад. С 2009 года он лечится от алкоголизма в реабилитационной клинике
